提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
两股冷空气“接力” 东北局地最低温或破同期极值******
中国天气网讯 今明两天(1月18日至19日),全国大部地区气温仍以回升为主,最高气温10℃线将北抬至河南北部到安徽北部一线。不过,冷空气也即将再度活跃,19日至20日和22日至24日两股冷空气接踵而至,东北地区北部局地最低气温将接近或突破历史同期极值,公众请注意防寒保暖。
两股冷空气接踵而至 东北部分地区最低温或跌破同期极值
今明两天,全国大部仍以升温为主。到了明天,最高气温10℃线将北抬至河南北部到安徽北部一线,像是南京、合肥、武汉最高气温都会超过10℃;华南部分地区最高气温也将达到20℃左右,暖意回归。
不过,冷空气也即将再度活跃起来。中央气象台预计,19日至20日,冷空气将影响我国北方地区,华北、东北地区及黄淮北部等地降温4~8℃,部分地区超过12℃,21日清晨东北地区北部局地日最低气温将接近或突破历史同期极值;内蒙古东部、东北地区东部等地部分地区有小雪,局地中雪。22-24日,还将有冷空气影响我国中东部地区,大部地区降温4~6℃,局地降温8℃以上。
其中,东北等地降温最为明显,21日清晨东北北部局地最低气温将接近或突破历史同期极值。大城市中,哈尔滨21日早晨最低气温或降至-30℃以下,沈阳下周初最低气温也将不足-21℃;哈尔滨最高气温甚至也将陆续降至-20℃之下,一片天寒地冻,寒冷程度同期少见,当地公众请注意防寒保暖。
西南等地仍多雨雪 东北降雪再度增多
降水方面,未来三天,我国大部雨雪比较稀少,以晴朗干燥天气为主,雨雪主要集中在西南及东北的部分地区。
具体来看,中央气象台预计,今天,内蒙古中东部、黑龙江大部、吉林中部、西藏西部和东部、青海南部、川西高原北部、贵州西部、云南东北部等地部分地区有小到中雪或雨夹雪,其中,西藏东南部等地部分地区有大到暴雪。西藏东南部、四川盆地东部、重庆大部、贵州北部、云南中南部、海南岛大部、台湾岛东部等地部分地区有小雨。
明天,内蒙古中东部、黑龙江大部、吉林中部、辽宁北部、西藏西部和东南部、青海南部、贵州西部、云南东北部等地部分地区有小到中雪或雨夹雪,其中,西藏西南部等地部分地区有大到暴雪。西藏东南部、重庆南部、贵州北部、云南中东部、海南岛大部、台湾岛东部等地部分地区有小雨。
后天,内蒙古中东部、黑龙江南部、吉林中部、辽宁北部、新疆北部、西藏西南部和东南部、青海南部、贵州西部、甘肃南部、陕西南部、湖北西南部等地部分地区有小到中雪或雨夹雪,其中,西藏西南部和东南部等地部分地区有大到暴雪。西藏东南部、重庆大部、湖南西部、贵州北部、云南中东部、海南岛大部、台湾岛东部等地部分地区有小雨。
气象专家提醒,西南地区近日雨雪天气较多,公众请注意防范雨雪天气造成的道路湿滑、能见度下降对春运出行等方面的不利影响。东北地区部分地区今明天降雪也将增多,天气寒冷,大家请注意防寒保暖。(中国天气网)
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